A igreja pertenceu ao antigo Convento de Nossa Senhora das Portas do Céu, criado pelo convertido príncipe do Ceilão D. João de Cândia cerca de 1632, e por ele entregue aos Franciscanos. Depois do terramoto, devido à forte ligação da Corte à Irmandade da igreja, da qual era então juiz o futuro Marquês de Pombal, esta é rapidamente reconstruída, estando terminada em 1768. Tendo sofrido várias vicissitudes nos séculos XIX e XX, apresenta hoje a sobriedade propriamente franciscana, destacando-se, na fachada principal, o portal e, no interior, o frontão do arco triunfal, em estuque, com a figuração do escudo português e da chave do Céu encimados por coroa, e ainda a imagem da padroeira, cuja chave costumava percorrer as casas dos doentes.