A igreja da irmandade do Senhor Jesus da Misericórdia de Azambuja, tem a sua origem na viragem do século XIII para o século XIV, quando os confrades do Espírito Santo fundaram em Azambuja a confraria e o hospício medieval da invocação do Espírito Santo. Vocacionada para o apoio a peregrinos, viandantes e doentes pobres, a Confraria do Espírito Santo foi, durante os primeiros cem anos da sua existência, a primeira e única instituição com fins cultuais e assistenciais na vila.