A capela de São Sebastião da Granja foi fundada no século XVII e era comenda da Ordem de Cristo. Do lado da epístola, está a capela de São Pedro com cobertura em abóbada de aresta. Na nave, única, pode observar-se o coro alto guarnecido com varanda balaustrada de madeira. A capela-mor, precedida de arco triunfal de volta perfeita, apresenta uma cobertura em abóbada de canhão e nela se destaca o retábulo em talha dourada e pintada, vazado por camarim albergando trono.