A igreja, construída como paroquial da Encarnação no princípio do século XVIII, foi reconstruída depois da derrocada e do incêndio provocados pelo terramoto de 1755, em estilos barroco e rococó. Na fachada, destaque para duas esculturas seiscentistas que se encontravam na Porta de Santa Catarina, da muralha de D. Fernando. No interior, destaca-se a imponente imagem de Nossa Senhora da Encarnação, no retábulo-mor, esculpida por Machado de Castro; bem como as pinturas dos tectos, seja o da capela-mor, com uma representação do Mistério da Encarnação de notável dramaticidade, seja o da nave, que figura a Anunciação a Nossa Senhora. Junto à entrada, encontra-se uma capela de arte contemporânea dedicada a Santa Maria Goretti.